动物病原微生物宏基因组高通量测序技术规范专家共识（2024版）-13页_383kb

好的，这是对提供的“动物病原微生物宏基因组高通量测序技术规范专家共识（2024版）” 内容的分析总结：

宏基因组高通量测序技术（mNGS）作为一种新兴的、通用的微生物检测工具，在动物病原微生物临床检测中应用广泛，能不依赖培养直接识别所有微生物。然而，兽医检测领域对此技术尚未形成一致性认知。

本专家共识旨在规范该技术的应用，提出以下关键内容：

1. 核心优势：mNGS适用于识别多种病原微生物，可进行未知病原诊断、多病原检测、病原溯源等，对保障“同一个健康”至关重要。全球新发传染病大量来自动物源。

2. 技术规范：

   • 实验室要求：开展mNGS检测的实验室需具备生物安全二级（BSL-2）及以上条件，并符合农业农村部相关法规。实验室布局需区分湿实验（样品处理、核酸提取、文库制备、测序）和干实验（生物信息分析、报告审核），并设体系配制、样品处理、核酸提取、文库制备、测序等功能区域。
   • 人员资质：工作人员需具备分子生物学、生物信息学、兽医学等专业背景，并经过培训考核。
   • 测序平台选择：根据样品量、读长需求、准确性、成本等，可选择第二代（NGS）或第三代（TGS）测序平台。

3. 实验操作：

   • 样品采集与制备：需保持样品新鲜，避免污染；针对不同样品类型（如血液、组织、拭子、粪便等）有明确的采集量、储存条件和注意事项；推荐单向污染控制的制备流程。
   • 核酸提取：建议使用经过验证的适用于mNGS的试剂盒，关注核酸质量。
   • 文库制备：根据测序目的选择DNA、RNA或混合文库，关注文库质量控制。

4. 生物信息学分析：

   • 数据库：无专用标准数据库，推荐使用国际公共数据库（如NCBI GeneBank）并在此基础上自建或使用商品化动物病原数据库，数据库需定期更新以包含新毒株和病原信息，并维护宿主基因组数据库。
   • 分析流程：标准流程包括数据预处理（去除低质量序列、接头序列）、宿主去比对、物种鉴定（至少到种属水平）、致病微生物识别。

5. 结果判定与质量控制：

   • 结果判定：建议使用标准化的阈值（如每百万Reads中至少3条序列）和单位（如RPM/RPTM）进行归一化，并结合阴性对照、样品信息和临床症状进行判定。
   • 质量控制：包括文库质量控制、测序数据质量控制（如Q值设定、Reads数量和量要求）。必须加入阴性对照监控全流程污染，并考虑使用阳性质控品进行性能验证。

6. 报告与解读：

   • 报告内容：应包含物种信息、样品信息、测序结果指标（如序列数、覆盖度、丰度）、质控数据、专业术语注释等，并对重要病原进行临床相关信息注释。
   • 结果解读：必须结合临床症状、流行病学和不同阶段的技术局限性进行综合解读。

7. 总结与展望：mNGS在动物病原检测中潜力巨大，但因其技术复杂性，对平台和人员要求高。本共识旨在规范该技术在兽医领域的应用，提升检测水平。共识由多家机构和专家共同编写。