2015-12-15-世界卫生组织-Meeting_of_the_Technical_Working_Group_on_the_Sharing_of_Influenza_Genetic_Sequence_Data,_29-30_September_2015_15页_200kb

2015年流感基因组序列数据分享系统技术工作组会议总结

会议概况

• 由WHO设立的PIP框架建议专家组会议技术工作组于2015年9月29-30日在日内瓦举行。与会者包括3名PIP建议专家组成员和10名专家。
• 会议目标：制定一项草案文件（TWG文件），定义最适合满足PIP框架目标的流感遗传序列数据（IVPP GSD）分享系统的最佳特征及相应的最佳实践。

主要讨论内容

1. 数据提交义务

• 分享机制: 探讨了两种提交模式：一种提交至带有使用限制的数据共享数据库（如GISAID EpiFluTM）；另一种提交至开放数据库（如GenBank），但建议通过激励措施鼓励向公共域数据库提交。
• 追踪使用: 认为主要障碍在于追踪GSD的后续使用情况。建议使用INSDC结构化注释字段表明数据受框架约束。
• 最佳实践共识: 推荐数据提交方选择GISAID EpiFluTM分享初始数据，并可在六个月后选择自愿提前分享给INSDC或请求保留。

2. 数据提交及时性

• 时间框架: 强烈建议在数据可用时立即提交，并在提交后24小时内在公共数据库公开可用。
• 临时出版禁令: 讨论引入出版前数据分享禁令选项（通常为期60天），以便公共卫生响应期间快速获取数据，同时保护原始提交者的发表权。该禁令主要适用于同行评审期刊，不影响其他研究活动。强调需制定明确执行机制，依赖科学社区的自我监管。

3. 数据质量保证

• 质量动态性: 允许初始提交后经过多次更新和校验，记录数据演进。
• 质量标识: 建议在数据库中放置“草稿数据”注释，更新时修订质量状态。
• 实时反馈: 实时反馈机制提醒提交者数据质量问题，支持自动化质量检查。
• 质量规范: 质量标准需定期审查和维护，建议将细节放入专门的标准文档中，使用评分系统评估提交质量。

4. 数据上传与元数据完整度

• 分层元数据: 为所有数据设定核心元数据标准，不同样本类型附加特定元数据，非必需元数据逐步提供。
• IVPP标识: 元数据字段应突出显示数据是否为IVPP，使其易于搜索。
• 元数据更新: 系统应支持元数据的更新和版本控制。
• 数据隐私: 避免提交直接识别患者的元数据。确保数据库间的元数据格式一致性（统一模板、字典、XML模式）。

5. 轻松访问与使用 IVPP GSD

• 检索与下载: 系统应方便地识别并以标准格式下载GSD。
• 第三方工具接口: 支持用户在本地计算机或通过程序接口使用第三方软件访问GSD。
• 访问协议一致性: 推动所有数据库采用统一的、最低包括PIP框架IP声明的访问协议或声明。提议以下选项递增：通用链接与声明、全面说明、合同式协议。强调宣教活动的重要性，教育所有利益相关者。接口界面也需可供检索。

6. 公共卫生背景下的可持续性与安全性

• 系统可持续性: 建议增加数据存储于多个数据库的方式，或政府协议以使数据有保障。
• 安全: 保证数据和元数据不可被外部篡改；允许数据提供者授权他人（组织或个人）发布编辑控制权，防止因提供者退出而无法更新数据。建立强大的网络安全防御。

7. 数据来源识别

• 商业利用追踪: 识别用于商业产品的 IVPP GSD，方法包括记录谁下载特定序列以及追溯产品回特定序列，后者较为可行。
• 唯一标识符: 使用独一无二的序列登录号来跟踪使用情况，确保制造商良好合作与PIP框架的知晓。

8. 支持监管机构

• 重点应放在监管机构能简便获取GSD上，应修改数据共享系统允许非正式访问协议使用。数据库应先提供质量信息、运营方法。

后续工作

• 制定并在PIP建议专家组会议前提交全面修订版草案。
• 针对临时出版禁令与科学期刊编辑进行讨论。
• 考虑新平台（如bioRxiv）。
• 将探索监测与评估方法以及数据共享活动的量化指标。

约定

会议达成了共识，并准备把成果纳入PIP框架建议。